Die Kommission Qualität beschäftigt sich eingehend mit sämtlichen die Physiotherapie betreffenden Aktivitäten im Bereich Qualität (Qualitätsmanagement, Qualitätsentwicklung, Patientenzufriedenheit, usw.). Die Kommission ist mit Fachpersonen aus dem Bereich Qualität besetzt und untersteht direkt dem Zentralvorstand, der jeweils auch die Leitung der Kommission inne hat.
Aktuell bearbeitet die Kommission Qualität im Rahmen regelmässiger Treffen die Projekte Ergebnismessung (Outcome), Kontrolle der Weiterbildung, Q-Zirkel und Moderatorenschulungen und allgemein die Weiterentwicklung der Qualität in der Physiotherapie. Die Kommission Qualität war auch massgeblich an der Erarbeitung des Qualitätskonzepts 2006-2008 beteiligt.