Im Mai 2004 hat die Gesundheitsdirektorenkonferenz (GDK) beschlossen, dass unter anderem die Physiotherapieausbildung auf Fachhochschulstufe stattfinden solle. Im Winter 2005 hat das eidgenössische Parlament der Teilrevision des Fachhochschulgesetzes zugestimmt.
Damit wurde die Bahn frei für eine Reorganisation der Grundausbildung Physiotherapie.
Seit 2002 hatte die Romandie an 3 Standorten (Genf, Lausanne, Leukerbad) die Physiotherapiegrundausbildung auf Fachhochschulstufe angeboten.
Seit Herbst 2006 findet die Grundausbildung nun schweizweit in Fachhochschulen (FH) statt, das Bundesamt für Bildung und Technologie (BBT) hat 4 Standorte für Fachhochschulen Gesundheit bestimmt: Zürich/Winterthur, Bern, Romandie, Tessin.
Die Grundausbildung in der Fachhochschule schliesst mit einem Bachelor of Science (BSc) ab.
Die altrechtlichen Ausbildungen auf Stufe Höhere Fachschule (HF) enden spätestens 2010. Für die Anerkennung dieser Ausbildungen ist das SRK (Schweizerische Rote Kreuz) zuständig. Für die Anerkennung der BSc ist das BBT designiert.
Der Wechsel von HF zu FH hat zur Folge, dass die ehemaligen Physiotherapieschulen schliessen, von einer Fachhochschule übernommen werden oder mittels Verbundlösungen als "Filiale" einer bestehenden Fachhochschule Gesundheit ab Herbst 2007 Grundausbildungen anbieten.